Condivido alcuni articoli riguardanti tecniche di biologia molecolare che spero possano essere utili a molte persone (almeno per me lo sono stati!).
Il primo riguarda una tecnica (sostanzialmente una modifica della classica ARMS denominata Tetra-primer ARMS-PCR) che permette di eseguire 1 screening di mutazioni/polimorfismi puntiformi noti a basso costo in 1 gruppo di pazienti/controlli. E' una valida alternativa ad altre tecniche comunemente usate, tipo sequenziamento, DHPLC, restrizione enzimatica, che però per vari motivi possono risultare impraticabili o costose. Questa tecnica è stata impiegata con successo varie volte nel gruppo del dott. Occhi con cui lavoro a Padova per lo screening di varianti in una popolazione di controlli sani. L'articolo originale lo trovate al seguente link:
www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11522844Il secondo articolo è invece 1 esauriente review che tratta della Real-Time PCR. Descrive per filo e per segno tutte le fasi che vanno dall'estrazione dell'RNA all'intepretazione dei dati, riportando tutti gli accorgimenti che dovrebbero essere tenuti presente ad ogni step e con un'ottima sessione di troubleshooting. Per me è stata utilissima:
www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17406449.
Il terzo articolo riguarda la tecnica QMPSF (Quantitative multiplex PCR of short fluorescent fragments), che permette la detection di grossi riarrangiamenti genici. Questa tecnica è stata usata con successo per diversi geni implicati nella patogenesi di differenti tumori. E' una valida alternativa a tecniche più costose tipo l'MLPA (multiplex ligation-dependent probe amplification) e comunque non sempre disponibili per i geni che si stanno studiando. Anche questa tecnica è stata utilizzata nel nostro gruppo, per verificare la presenza di delezioni nel gene CDKN1B (
www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20530095).
Un buon articolo che descrive la tecnica e i vari metodi di interpretazione lo trovate qui:
www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18487285.
Infine, vi segnalo questo articolo:
www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18408729 che tratta di 1 modifica alla classica PCR, denominata COLD-PCR. Sostanzialmente questa metodica permette di aumentare di molto la sensibilità della PCR, permettendo di individuare mutazioni che possono non essere visibili dopo sequenziamento data magari la cattiva qualità dei campioni (ad es. tessuti paraffinati) o la presenza di tessuto sano nei campioni di DNA tumorale che interferisce con la successiva detection. Puo quindi risultare molto utile nei centri che fanno anche diagnostica. Questa tecnica recente non è mai stata impiegata nel lostro laboratorio, anche se alcuni articoli che ne descrivono il suo utilizzo pratico sono recentemente usciti, compresa 1 recentissima miglioria che ne permette 1 suo ancor + semplice utilizzo:
www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20937629.
Spero di aver fatto 1 cosa utile, se non altro 1 spunto per le letture natalizie (naturalmente scherzo
).
Buone feste a tutti!
Scusate ma ho fatto qualche pasticcio con l'inserimento degli url, per cui dovrete fare copia e incolla dei link sul browser per accedere agli articoli
Edited by angelo.cignarelli - 17/12/2010, 16:55
